Nước mắm được đóng gói trong các vật dụng phải được làm bằng vật liệu không độc, sạch sẽ, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm, không gây hại cho sức khoẻ con người và không làm ảnh hưởng tới chất lượng nước mắm.

Nước mắm phải được bảo quản ở nơi thoáng, ít ánh sáng, không để trong tủ lạnh. Nguyên nhân do nước mắm truyền thống là sản phẩm thiên nhiên, chỉ được làm từ cá cơm tươi và muối biển nên đạm Amin trong cá được bảo quản bằng chính lượng muối tự nhiên chứ không phải bằng hóa chất. Nếu nhiệt độ thấp, muối biển sẽ bị đông kết và lắng xuống phần dưới của chai, phần trên sẽ không đủ lượng muối cần thiết ở để bảo quản đạm Amin. Khi đó nước mắm sẽ chuyển sang màu đen, nghĩa là đạm Amin bị phân hủy và nước mắm sẽ hỏng.

Sử dụng trong vòng 1 tháng sau khi mở nắp. Sau khi mở nắp, chúng ta không nên sử dụng trong thời gian quá dài. Sử dụng trong vòng một tháng sau khi mở nắp là khoảng thời gian nước mắm có chất lượng tốt nhất.Vặn chặt nắp khi đang sử dụng để tránh côn trùng xâm nhập.